在中国古代，武功门派不仅是指传统的内功、外功和招式流传下来的技艺，更是一种文化现象，它们代表着一种生活方式和精神追求。这些门派大多数都是以某位高手或者某个地方为源头所创立，他们通过秘籍、口碑相传，并在江湖中形成了各自独特的风格。

然而，不少武功门派由于其特殊性或隐蔽性，被视为“秘密”门派。这些秘密门派往往不公开其内部教义，只对信任的人透露部分心得或机巧，这使得它们成为了人们好奇与寻找的对象。

首先，我们可以从一些著名的武学小说中找到一些例子，比如金庸先生的小说《射雕英雄传》、《笑傲江湖》等，其中提到的青衣教、丐帮、大理段氏等都属于这种类型。这些组织虽然表面上看似平凡，但实际上却蕴含着深厚的内力修炼方法和战斗技巧，是当时社会上的重要力量之一。

除了文学作品之外，在历史记载中，也有一些真实存在过的武术流派，如太极拳、三国演义中的桃花岛主黄药师掌握的大棒法等，都有着自己的独特之处。这些流派通常不会公开教学，主要通过口耳相傳来保留其精髓。

此外，还有一类是民间故事中的神话级别的“仙家”、“道家”，他们掌握了一种超乎常人的能力，这些能力既包括肉身强化也包括灵魂修炼，对于普通人来说几乎是不可能达到的境界。但即便如此，这些故事也是后世对古代一系列宗教哲学思想的一种想象与延伸，反映出人们对于超自然力量的一般向往。

最后还有一点要注意的是，即使是那些被认为是“秘密”的门派，其实也不乏具有开明态度和开放心态的人士，他们愿意接受新的观念和技术，从而不断进步。这正体现了中国古代文化中一种积极向上的精神：学习永无止境，无论你是在何种环境下学习，都应该保持好奇心，不断探索新知。

综上所述，关于武功门派都有哪些的问题并没有一个简单明确答案，因为它涉及到了广泛领域，从文学到历史，再到民间故事，每一个角落都隐藏着不同层面的解释。而真正意义上的“秘密”，则更多地体现在那些未被普遍认可或者未被记录在案的情报之中。在这个充满虚幻与现实交织的地方，每个人都可以根据自己的理解去发现不同的答案，而这正是中国古典文化的一个魅力所在——它让每个人都能找到自己感兴趣的话题，无论多么微小或复杂。