玉门武道在清朝以前被称作玉家拳，源自明朝时期广东梅岭的传统。随着玉氏家族的一部分成员迁至广西，这门拳法也在当地流传开来。由于族人的力量有限，为了保护自身安全，玉家拳的传承规则严格禁止向外姓人授教。

清末年间，由于社会动荡和战乱，一些武林高手避难于广西来宾市桥巩乡下马王村。这其中包括了“长毛”这一武术高手，他对玉家拳有所贡献，并留下了丰富的文化遗产。

村里有一位名叫玉恒宝的人物，他不仅精通内丹修炼，还对周易、医学、风水学、命理学等方面都有深入研究。他是通过学习与实践而发展出了一套独特的系统化武学体系——玉门（氏）武道。在他的指导下，该体系被分为两大部分：一是内功修炼和打斗技巧，即“武学部”，二是以符咒、占卜等为主的神秘术数，“法术部”。

为了确保这套复杂而深奥的知识能够得到恰当地传承和发展，玉恒宝制定了严格的继承规则，只允许族中的少数一人每代继承完整版权。而他指定他的侄孙子儿子——玉光山作为第二代掌门人，而另一个徒弟——玉光生只得承担一些辅助性的工作。

到了20世纪七八十年代，第三代掌门人——由他们所训练出的几位弟子中选出来的人继续推动该艺术形式向社会公开。因此，从那时候起，原来的秘密宗派变成了现代社会的一个开放性体育项目。